La biodiversité est cependant encore très riche, et beaucoup d’espèces phares sont présentes dans les parcs. Le niveau de classement et de protection des différentes aires protégées n’est cependant pas toujours suffisant pour assurer leur protection à long terme. Une « élévation » des statuts de classement de certaines aires protégées devra être envisagée (domaine de chasse de l’Aouk, revoir le classement du lac Fitri).
De plus, tous les sites de haute valeur de conservation pour les espèces clés ne sont pas systématiquement protégés. Certains sites RAMSAR (lac Tchad, lac Fitri, bassin du Logone/dépression Toupouri) n’ont pas de statut de protection officiel dans la loi tchadienne. Enfin, il faudrait classer une partie du Tibesti, afin de protéger la plus importante population de mouflons à manchettes au monde.